Nació en Arizpe, Sonora, el 8 de septiembre de 1806, hijo de don Alejo García Conde y doña Teresa Vidal de Lorca. Su padre era mariscal de campo y gobernador de las Provincias Internas de Occidente, por lo que Pedro fue destinado a la carrera militar. A los 11 anos de edad, terminada su instrucción primaria, ingresó como cadete en la Compañía Veterana de Cerro Gordo, Durango, el 29 de noviembre de 1817. Militando en el ejército virreinal llegó a capitán; tal grado tenía en 1821, cuando fue consumada la Independencia de México, por lo cual dejó la provincia.

Se trasladó entonces a la ciudad de México, inscribiéndose en el Colegio de Minería, donde cursó matemáticas, mineralogía y química, y después hizo estudios de astronomía, fortificación y arquitectura. Por sus conocimientos, en 1825 fue ascendido a segundo ayudante de Estado Mayor; en 1828 a capitán de ingenieros. En 1829 se recibió como ensayador, siendo comisionado en 1832 para levantar la estadística del Estado de Chihuahua, con cuyos trabajos formó un voluminoso libro. A su paso por San Luis Potosí, fortificó a dicha ciudad y al Puerto del Gallinero.

En 1834 ascendió a teniente coronel; en 1838 lo nombraron director del Colegio Militar, en cuyo puesto duró hasta 1844. En 1840 fue honrado con el grado de general, y se le encomendaron las obras de reparación del Palacio Nacional. El 3 de agosto de 1842, el Estado de Sonora lo designó consejero, y el 23 de diciembre del mismo año formó parte de la junta legislativa de esa entidad. En 1844 fue diputado por Sonora, cuando Santa Anna dio su famoso golpe de Estado; García Conde tomó parte en la revolución de 6 de diciembre, al triunfo de la cual desempeñó la cartera de Guerra, que dejó al poco tiempo, obligado por la revolución.

En 1847 tomó parte activa en la guerra contra los norteamericanos, haciendo el 28 de febrero de ese año heroica resistencia en el rancho de Sacramento. En ese mismo año, el Estado de Sonora lo eligió como senador, después fue nombrado presidente de la Comisión de Límites que, en virtud de los Tratados de Guadalupe Hidalgo y La Mesilla, debería fijar los nuevos límites de México y los Estados de Norteamérica, una vez que pasaron a poder de este país los territorios que habían pertenecido a México. En esa comisión tuvo que sostener enconadas controversias con el jefe de la comisión americana; pero apoyado en sus principios de justicia y patriotismo, defendió hasta el último puñado de tierra que pudo tomar.

La Comisión Mexicana de Límites quedó casi abandonada por el gobierno mexicano, en una situación lamentable; entonces García Conde, para evitar que sus subalternos se dieran cuenta de tal abandono, y menos aún que lo notaran los norteamericanos, comprometió su crédito particular para sostener boyantes a sus colaboradores, cubrir los gastos y salvar el decoro nacional. Pero los largos meses de privaciones y duros trabajos a que se sometió, ya que personalmente hizo trazos, mediciones y cálculos sobre los inhospitalarios desiertos norteños, sobre todo en el Distrito de Altar, minaron su salud y quebrantaron su fortaleza.

Tuvo que abandonar su comisión y reintegrarse a Arizpe, Sonora, bastante enfermo; allí murió el 19 de diciembre de 1851. Dejó muchos trabajos geográficos y cartográficos notables; a él se debió la formación de un mapa general de la República Mexicana, instrumento del cual dotó a nuestro país desde el año de 1839. Fue amigo personal del general don José Joaquín de Herrera, quien apreció sus servicios como militar y hombre de ciencia, cuando ocupó la presidencia de la República.